Mancanza della madre
Nella maggioranza delle situazioni il test di paternità viene effettuato su tre soggetti: madre, figlio e presunto padre. In determinate situazioni, data la enorme potenzialità del sistema di analisi utilizzato, il test può fornire risultati accurati e affidabili anche in assenza della disponibilità della madre, solo su padre e figlio. Tecnicamente l'accertamento è più laborioso ma i risultati sono gli stessi dell'accertamento eseguito su tre soggetti. Si supplisce alla mancanza dell'informazione genetica derivante dalla madre investigando un numero di regioni del DNA superiore a quello utilizzato nel test che prevede la disponibilità della madre.

Mancanza del padre
In altre situazioni è possibile che il presunto padre sia deceduto o, semplicemente, non disponibile. In questo caso le possibili strategie operative andranno valutate caso per caso, impiegando i campioni biologici eventualmente disponibili. In certi casi è infatti possibile sottoporre al test i genitori dello scomparso: si tratta di casi complessi la cui fattibilità andrà valutata con estrema cautela. In altri casi possono essere sottoposti a test genetico parenti stretti dello scomparso, pur con certe limitazioni, in altri ancora materiale biologico prelevato allo scomparso quando questi era ancora in vita. L'esumazione dei resti dello scomparso, talvolta, rappresenta l'unica possibilità per la soluzione al quesito di paternità.